施大瑄接走了郑芝龙后准备撒退，但在撒退途中，郑芝龙突然要重返夏门，郑芝龙进入夏门时，天已大黑，好在郑的人对当地十分熟悉，模黑也能进军。当时李奇魁正在庆祝突袭的胜利，被郑之龙打个措手不及。
李奇魁的人只是少数人在庆祝，大部分人还在船上守卫，战争爆发后，都来参战，只是由于是晚上，战斗有限度，打到一定的程度后，双方都退兵。第二天后，双方再战，除了撒退的李国助，刘香等人外，在夏门的许多船都站了队。当时，也有许多船重新投入郑芝龙的门下，因为原先有些船本来就是郑芝龙的门下，只是夹在李奇魁的船队中间，只得暂时潜伏，现在知道郑芝龙所在，自然重投郑芝龙门下。郑芝龙与李奇鬼在夏门大战多日还是不敌李奇魁，只得撒往泉州并向官府求援。
正在此时聘有澳门的西欧技师参与制造的盖伦船有两艘已能交付使用，同时也有二千料的福船、鸟船、沙船各二艘，广船因工艺复杂还没造好。以原先的舟山的舰队为基础，抽调精粹人员和加上这八艘新船组成新舰队，由杨普任司令，准备增援郑芝龙。
在另一个时空里，是由熊文灿招降的郑芝龙，郑芝龙通过手段贿赂熊文灿等福建高官，使局势向有利于郑芝龙的方向发展，也就是朝庭给了郑芝龙官位，但不制约郑芝龙，让郑芝龙有机会以发展成为大军阀。在郑芝龙与李奇魁开战后，也是不敌，郑芝龙向朝庭求援，熊文灿把大量的军费给了郑芝龙，帮郑芝龙打败了李奇魁。
现在由朱一冯巡抚挂名招降郑芝龙，是有条件的招降，实际主持福建军事的是懂异山。现在的朝庭军费紧张，有费用肯定用在发展新军上，其它旧军或半独立半军阀的军队都是维持原样。
现在郑芝龙在福建的情况打破了原样，需要支援，朝庭也认承若，承认郑芝龙军是忠于朝庭的军队，给以支援，但不是给钱财，而是派军队参战，同时也强调，朝庭给郑芝龙的承若，朝庭执行，招降时郑芝龙的承茏也必须尊守。
杨普的来到，与郑芝龙成立了联合指挥部，在通信和联络方式等方面取得共识，也在情报上共享。在共事中，郑芝龙发现了杨普舰队的情报的详情和参谋力量的强大。其实杨普舰队在表面力量上也能比拟郑芝龙舰队，原先海盗船都是一千料以下的船，多般是五百料左右的船，但是船多。现在杨普舰队有多艘二千料以上的大船，船的数量也不少，也有许多五百料左右的旧船，重要的是火炮的规格和质量要高一级。因为杨普舰队也重视火船和对火船的防护，杨普的火船小，迎战或栏截火船的船更小。
郑芝龙通过对杨普舰的了解，对战胜李奇魁充满了信心，原先单纯郑芝龙的力量就能与李奇魁一战，现在加了一倍的力量，胜利是肯定的。此时郑芝龙的船也修复完善，联合指挥部确定，先由郑芝龙进攻李奇魁，杨普舰队先向澎湖行驶，在入夜后，改向夏门。海盗一般情况下不夜间行驶，夜间行驶后出战也许能造成突然性，并约定杨普舰后投入战斗，是双方战斗正酣时从侧冀攻入战场。
与杨普同来的还有海军陆战队第一营和蛙人部队的一个排，以前没有海军陆战队的概念，也没有先前战例。海盗有接舷战，但在大规模海战中，在没有胜负之前接舷夺船的可能性不大。杨普把陆战队放在了泉州，朱弘也仿照另一个时空的原则，陆战队配合舰队，接受舰队下达的任务，不是具体在舰队指挥之下。
陆战一营在得知舰队的行动之后，决定自己从陆路到夏门附近，找机会参战。其实泉州与夏门的直线距离不足一百，走陆路也就是二、三天的路程。陆路关口还掌握在新军岸防军手中，在信息不通的明代，敌方还很难掌握一支新式军队的详情。