战斗僵持不下时候，突然袭来的光弹直接打的两个奥特战士猝不及防。
“什么家伙！”奈欧斯大吼道。
赛格古，背上如丛林一般的针、棒子般的右手、锯子般的尾巴。古文书中记载传说中的阎魔兽，曾在太古时期君临地球。被封印在芭罗慈/帕拉吉遗迹中，后来封印被解除后复活，还能衍生出格古安东拉、格古哥尔赞等阎魔分身兽。格古安东拉会用背后的翅膀飞行，格古哥尔赞会把身体团成球攻击。特征是背上长有的无数剑山，细长的身躯有和赤色蓝色混杂的体色，头部长有复数的眼睛和三支角，棍棒状的右臂和锯子般的尾巴。拥有强大的实力，最大的武器是口中放出像鲜血一般赤黑色以惊人威力自傲的破坏光线，该破坏光线拥有将地面像血池一样溶化在地中穿行的能力。此外，胸口的发光部分能放出火焰弹。棍棒状的右臂来回挥舞攻击对手。胸口像花一般打开，从中伸出触手吸收对手的能量，背后的刺能像导弹一样发射出去衍生出阎魔分身兽，且身体表皮呈玻色爱因斯坦凝聚态极为坚硬使得赛格古可以无视一切普通攻击。
在宇宙的某处，配合梵顿星人格尔曼对奥特曼传说的叙述，初代奥特曼与巴尔坦星人展开激战，奥特曼与大量巴尔坦分身大战，最后以斯派修姆光线轻松秒杀巴尔坦星人。
然后场景转换至XIO实验室，梵顿星人展示了自己新发明的贝塔魔棒，说可以召唤来奥特曼，然后进行了演示，可惜发明失败了，贝塔魔棒爆炸了。
之后是片头，片头过后场景切换至XIO作战会议室，大家都在喝咖啡，神木队长拿来一盒饼干与大家分享，大家吃得正欢，艾克斯奥特曼说道：“明日奈，这个食物中含有48%的糖分，18克脂肪，你正在减肥........”话音未落明日奈就将艾克斯奥特曼终端翻了面，艾克斯奥特曼惊呼：“喂！快帮我翻过来，我什么也看不见了！”大家哄堂大笑，这时橘副队长进来说道：“作战会议室内不许吃东西，要说多少遍才明白！”于是大家都回到自己的工作岗位上去。突然响起了警报，原来在某处超古代的遗迹处发现异常的电磁波，于是大地与明日奈前往调查，途中偶遇了玉城教授与她的儿子悠斗，并发现了大富豪黑崎先生，他擅自爆破了巴萝慈遗迹的入口并进入遗迹。
进入遗迹后一行人发现了超古代的巨人迪迦的石像，并且还有一块青石，青石上有一块石碑，玉城教授翻译上面的文字：“圣物将天之光与地之光相连接，当连接之光复苏之时，黑暗将回归至黑暗之中，将这个石头交给拥有连接之光之人。”
而一心想出名的黑崎却执意要带走青石，因此与玉城发生了争执，最终玉城未能阻止黑崎。
突然被封印在遗迹中的魔兽跑了出来，大地与艾克斯奥特曼一体化与之战斗，但这只巨兽实在太强，轻松将艾克斯奥特曼击败，而艾克斯奥特曼终端也因为高温被破坏。
众人与玉城母子回到XIO基地，玉城透露，这只巨兽是阎魔兽·赛格古，太古时代，是地面一片火海，没有海洋的地狱，这就是赛格古的天地，这时光之巨人降临，将赛格古封印在地底，但因为没能阻止黑崎，导致封印被解开，要再次封印赛格古，需要将那个青石回归原位。
另一边，大地正在想办法修复多功能终端，最终使用点击法让艾克斯奥特曼恢复了意识，但无法进行一体化。
高田琉依带着悠斗参观实验室，格尔曼博士向悠斗展示了五名奥特曼的电子虚拟卡片，而悠斗受母亲研究的影响，也喜欢收集一些奇怪的东西，于是悠斗也向几位展示了自己的一些收藏，而其中一个引起了格尔曼博士的兴趣（其实就是神光棒）。
而此时，黑崎正在做一档节目介绍自己得到的这块青石，但人气还不如别人的宠物专辑。但他并不知道，阎魔兽赛格古正在向着巴萝慈青石袭来。神木队长派明日奈队员与玉城教授去取回青石，其余队员使用了XIO所有的强力技术前往阻止赛格古。
XIO使用了电子哥莫拉引诱出赛格古，新日月守操控艾雷王能量盾封锁赛格古行动，贵岛隼人与风间渡方便驾驶空战玛斯凯迪与陆上玛斯凯迪使用雷德王卡片与金古桥卡片牵制赛格古，但是赛格古召唤格古哥尔赞与格古安东拉，破坏了能量盾与电子哥莫拉。
另一边，明日奈，玉城与黑崎因为争夺青石斗得不可开交，而他们所在的大楼也被赛格古破坏，一行人陷入危机之中。在XIO实验室中，悠斗与格尔曼等人看见了黑崎的直播，悠斗坚决要去就妈妈，这时实验室内的神光棒与青石同步发光，紧接着艾克斯奥特曼终端也开始发光，大家恍然大悟，原来这就是传说中的连接之光，于是高田琉依带着艾克斯奥特曼前往大地的身边，而XIO与赛格古军团的战斗还在持续。
大地与悠斗进入了大楼，此时玉城已经被落下的钢架压住，黑崎捡起了青石准备逃走，但突然良心发现，开始帮助玉城教授，但腰却闪了，这时悠斗和大地也到达，并与明日奈一起帮助玉城教授，玉城再三让悠斗逃跑，但悠斗不愿放弃，喊道“我绝对要保护好妈妈”，于是奇迹出现了，悠斗举起了钢架救出了妈妈，石头的神光棒复苏了，艾克斯奥特曼终端也复原了，而随着赛格古对大楼的破坏，墙体倒塌，悠斗大喊并启动了神光棒，变身成为远古的巨人迪迦奥特曼，大地也与艾克斯奥特曼一体化，明日奈等人也无事逃离，突然青石飞向天空，变成了红色的光球，光球落下，随之出现的是初代奥特曼，于是，三大奥特曼与赛格古军团的战斗开始了。